Jack se še naprej trudi, da bi upoštevali njegov predlog in Irino premestili drugam, saj si ne želi, da bi se ta preveč približala Sydney. Ko se Sydney vrne z akcije in Sloanu pove, da je bila skrinjica neuporabna, saj naj bi jo zaradi vlage uničila rja, ji Sloan ne verjame povsem. Zato se odloči za napad na Sarkovo varno hišo. A ekipa SD-6 v njej naleti le na hudo bolno osebo, ki pa Jacku razkrije lokacijo načrta, ki naj bi jih pripeljal do dolgo iskane Biblije. Sydney tako pošljejo v Moskvo, kjer naj bi poiskala in zasegla omenjeni načrt, a jo pri tem zalotijo ruski varnostniki. Uspe ji poklicati Vaughna in ga poslati do Irine. Ta mu pove za skrito pot, po kateri Sydney lahko zbeži. Ko se vrne, načrt pokaže Irini, ta pa ga dešifrira. Tako se Sydney in Vaughn odpravita na Madagaskar, kjer naj bi se nahajala Biblija. Kmalu pa se izkaže, da jima je Irina lagala. Na kraju dogodka se kmalu pojavi tudi Sark s svojimi možmi in le zahvaljujoč Jackovemu posredovanju se Sydney in Vaughn rešita. Takrat tudi Kendall prizna Jacku, da je imel glede Irine prav, zato odobri njeno premestitev. Dixon medtem preiskuje, kdo je opravil skrivnostni klic, ki ga je prejel Sloan, in v penzionu najde zapis o nedavnem obisku Emily. S tem ko se strogo drži svojo zgodbe in zanika obstoj SD-6, Will nevede opravi test, ki so ga zanj pripravili v enoti SD-6.

Sydney dobi novo nalogo. Pošljejo jo v Budimpešto, kjer naj bi se pod mestno hišo skrivalo skladišče nove generacije visokotehnološkega orožja. Sydney ga bo morala fotografirati in iz računalniške baze prenesti njegove specifikacije. A nato med akcijo naleti na povsem nepričakovano odkritje – orožje so dejansko otroci, ki jih vzgajajo za speče agente. Sydney odkritje šokira. Še bolj pa jo vznemirijo Vaughnova namigovanja, češ da je Jack izigral Irino in ji naprtil sabotažo Sydneyjine zadnje akcije, ki naj bi jo dejansko sam izvedel. Sydney tega ne more sprejeti, saj je prepričana, da jo je Jack rešil, zaradi česar se je z njim tudi zbližala. A Vaughn kmalu dobi dokaze za svojo trditev. Irino pa medtem že pripravljajo na usmrtitev. Sloan Jacku razkrije resnico o smrti Emily. Will se Francie ponudi, da ji bo priskočil na pomoč pri pripravah na otvoritev restavracije.

Potem ko je Sydney izvedela, da je Jack Irini podtaknil sabotažo, ki jo je sam izvedel, je njeno zaupanje vanj pričelo bledeti. Jack jo sicer poskuša prepričati, da ji je vedno hotel le dobro, a Sydney mu vse težje verjame. Dodatno jo vznemiri novica, da se Irina na procesu ni hotela braniti in je nase prevzela vso krivdo. Takrat se odloči, da bo naznanila Jacka. Vaughna in Sydney kasneje spravijo v karanteno, saj so ugotovili, da je prav naprava, s katero sta prišla v stik na Tajvanu, vir smrtonosne virusne okužbe. Virus pa naj bi bil delo Sarka in njegove ekipe. Sloanu se vse bolj dozdeva, da Emily v resnici sploh ni mrtva. Jack meni, da se občutek krivde, ki ga Sloan nosi v sebi zaradi njene smrti, poigrava z njim. Vaughn Willu ponudi, da razišče nek primer.

Vaughnu postane jasno, da se je okužil s smrtonosnim virusom. Odpravi se k Irini in jo prosi za pomoč. A Irina mu je pripravljena pomagati šele takrat, ko k njej pride tudi Sydney. Ko vidi, kako je obupana zaradi Vaughnovega vse slabšega stanja, ji pove, da imajo po vsej verjetnosti Rusi v Estoniji protistrup. A ta je gensko pogojen, zato je lahko izdelan le iz Vaughnove krvi. Slednjemu so zdravniki napovedali le še tri dni življenja, zato mora Sydney pohiteti. A nato ji na pot stopi Sark, s katerim mora skleniti dogovor, ki pa bi lahko ogrozil Sloanovo življenje. Will medtem še naprej raziskuje stare teste za merjenje inteligence ter pri tem odkrije nekatere nekonsistentnosti.

Sloan nenadoma preseneti osebje enote SD-6 in ji napove, da bo odslej Sark sodeloval z njimi. Zaradi tega Sydney seveda grozi, da bo razkrita kot dvojna agentka. A ne preostane ji drugega, kot da tudi sama sodeluje s Sarkom. Zaustaviti bodo morali namreč skupino, ki ji je prav Sark omogočil, da se je dokopala do jedrskega orožja. Kmalu postane jasno, da jim bo to uspelo le, če jim bo pri tem pomagala tudi Irina, saj je na delu neka ruska skupina, ki se je dokopala do šestih jedrskih konic iz zapuščenega skladišča v Kašmirju. Irina svoje sodelovanje pogojuje s svojo svobodo. Ko s Cio sklene dogovor, se ona, Jack in Sydney pod krinko srečne družine odpravijo v Rusijo, da bi zaustavili teroristično skupino. Medtem pa Sloana prične izsiljevati neka skupina, ki trdi, da je Emily še živa ...

Sydney, Irina in Jack se še vedno nahajajo v Pakistanu. Ujeti na tujem ozemlju se poskušajo dokopati do izginulih jedrskih konic, ki naj bi jih ukradla skupina pod vodstvom Gerarda Cuveeja. Po vrsti peripetij se končno prebijejo do Cuveejevega skrivališča. A tik pred ciljem, ko se jim že zdi, da bodo nalogo uspešno izvršili, jih Irina izda. V Združenih državah Vaughn izve, da hoče Kendell pooblastiti indijsko vojsko, naj zbombardira Cuveejevo skrivališče, saj so prepričani, da Jack in Sydney ne moreta več rešiti nastalega položaja. Zato se odloči, da bo na skrivaj pripravil reševalno akcijo, saj se boji, da Jacku in Sydney pred napadom letal ne bo uspelo niti zbežati. Sloan pa se medtem odloči, da bo izsiljevalcu izplačal zahtevano vsoto.

Jack se sestane z Ariano Kane, vodjo protiobveščevalne službe Alianse, ki so jo poslali, da bi preiskala okoliščine, v katerih je izginila Emily, in tako poskušala ugotoviti, kdo stoji za izsiljevanjem Sloana. Medtem pa Marshalla prvič pošljejo na teren v vlogi partnerja Sydney. A med njegovo prvo terensko operacijo se stvari hudo zapletejo. Vaughn poskrbi, da Willa uvrstijo na seznam kandidatov za psihološki test agencije CIA. Francie pa medtem postane sumničava glede Sydney, saj se Will iz dneva v dan vede vse bolj skrivnostno. Irina ponovno zagreni življenje Jacku, saj ga seznani z neprijetno resnico o njuni poroki, do katere ni prišlo iz ljubezni, pač pa zaradi ukaza KGB-ja, ki ga je dobila Irina.

Potem ko Marshall uspešno opravi svojo prvo terensko misijo kot Sydneyjin partner, ga nasprotniki ujamejo, in tako se nenadoma znajde v življenjski nevarnosti. Sydney in Dixon bosta morala združiti moči in Marshalla rešiti, saj mu grozi, da ga bodo tisti, ki so ga zajeli, pretepli in tako poskušali od njega dobiti informacije, ki jih iščejo. Ariana Kane, vodja protiobveščevalne službe Alianse, Jacka proglasi za glavnega osumljenca v primeru izginotja Sloanove žene Emily. Sloan je zaradi tega do Jacka vse bolj nezaupljiv. Vaughn medtem izve resnico o Jackovi vpletenosti v umor agenta Cie Stevena Haladkija, Sydney pa Francie zaupa, da do enega svojih sodelavcev goji romantična čustva.

Stisnjen v kot s strani Ariane Kane, vodje protiobveščevalne službe Alianse, ki preiskuje ozadje izginotja Sloanove žene Emily, prav tako pa tudi drugih dogodkov, v katere je bil vpleten Jack, se slednji odloči, da bo za pomoč prosil Irino in se z njeno pomočjo znebil vse bolj nadležne Ariane. Ta je šla namreč v svoji odločenosti, da bo Jacka prijela, celo tako daleč, da je pričela slediti tudi Sydney. Medtem pa se Sydney in Vaughn odpravita v Francijo, kjer naj bi opravila novo misijo. A še prej se odpravita na romantično večerjo, kar pa ogrozi njuno krinko.

V enoti SD-6 nastopijo negotovi časi, saj pride do sprememb na samem vrhu. Sloane se namreč poslovi tako od vodstvenega položaja kot tudi od enote same, na njegovo mesto pa pride Geiger. Slednji se že takoj ob nastopu nove funkcije odloči za temeljit pogovor s Sydney in Jackom, saj hoče ugotoviti, ali bo v bodoče med njimi sploh možno sodelovanje. Nikomur pa ni jasno, kaj bo sedaj storil Sloane. Sydney in Vaughn vodita ekipo, ki izpelje napad na SD-6 in prekine z delovanjem Alianse. Medtem pa Francie ubije neznana oseba, ki je videti kot njen dvojnik.