1. sezona, 7. del
Teroristična celica, ki se bori za okolje, si je kot tarčo začrtala podmornico, in sicer tako, da so nanjo poslali nekoga, ki se izdaja za del posadke. Gibbs in njegovi sodelavci morajo ugotoviti identiteto terorista – in ustaviti njegov smrtonosni načrt.
1. sezona, 8. del
Tokrat morajo preiskovalci ugotoviti vzrok smrti mornarja, ki je zaužil smaragde. Preiskava jih pripelje do agentov iz Guantanamo Baya. Agentje so soočeni s teroristom, ki ima peklenski načrt, ki ga morajo preprečiti.
1. sezona, 9. del
Vojak mornariške pehote Jim Kidwell je ubit sredi tajne misije CIE. Kmalu po njegovem pogrebu nekdo pokliče njegovo ženo in trdi, da je Jim Kidwell. NCIS mora raziskati primer in določiti, kateri primer je lažen – njegova smrt ali telefonski klic.
1. sezona, 10. del
Iz plitkega groba vstane živa ženska, brez spomina, kdo je in kako je tja prišla. Edino, kar ve, je to, da je na mornariški ladji bomba, ki bo kmalu eksplodirala. Gibbs, Tony in Ducky se napotijo na prizorišče groba, medtem pa Kate v bolnišnici opravi pogovor s popolnoma prestrašeno Jane Doe.
1. sezona, 11. del
Preko satelita je uslužbenec CIE nehote priča umoru. Poda anonimno prijavo, nakar agentje poskusijo dognati, zakaj je bil poročnik v mornarici umorjen, medtem ko je testiral visokotehnološko napravo, ki so jo razvijali v strogi tajnosti.
1. sezona, 12. del
Ko najdejo odrezano nogo s tetovažo Simper FI, agentje poskusijo ugotoviti, komu noga pripada. Preiskava pripelje do nerazrešenega umora, ki se je zgodil pred dvema letoma.
1. sezona, 13. del
Ekipa NCIS-a se loti preiskave umora mornariškega oficirja za vpoklic rekrutov, ki ga je z enim strelom pokončal nek ostrostrelec. Sprva se zdi, da bodo storilca težko odkrili, a nato v bližini najdejo belo pero. Upajo, da jih bo to pripeljalo do storilca.
1. sezona, 14. del
Mornariški zobozdravnik se ustavi poleg parkiranega avtomobila, da bi pomagal ponesrečenemu motoristu, a ta iz žepa povleče pištolo in zobozdravnika ubije. Ekipa NCIS-a se takoj loti preiskave, pri tem pa jim pomaga lokalni šerif Charley. Kmalu izvedo, da sta se pred kratkim zgodila dva podobna umora, in sicer so umorili civilista, ki je bil zaposlen pri mornarici, ter pilota, ki je imel za sabo nadvse neprijetno ločitev. Tako posumijo, da bi morilec lahko bila prav njegova žena, a ta ima popoln alibi.
1. sezona, 15. del
Ko Gibbsonov bivši poveljnik brez dovoljenja zapusti Irak, ga mora Gibbs razbremeniti obtožb pobega, kraje denarja in umora. Poleg vsega tega poveljnik še vztrajno trdi, da je žrtev zarote.
1. sezona, 16. del
Medtem ko se Ducky in njegov asistent Gerald pripravljata na obdukcijo, se iz vreče za trupla pojavi oborožen terorist, ki njiju in kasneje tudi Kate vzame za talce. Gibbs in Troy morata odkriti njegove veze in mu prekrižati načrte.
2. sezona, 23. del
Člani ekipe NCIS preiskujejo umor moškega, ki se je izdajal za upokojenega mornariškega tjulnja, ki ga je najela radikalna protivladna skupina, za katero naj bi izdelal umazano bombo. Žrtvi je ime Carl, bil je otroški prijatelj pravega mornariškega tjulnja, ki je umrl v zalivski vojni. Zapletel se je s skupino radikalnih anarhistov, ki so zasegli manjkajočo posodo z radioaktivnimi snovmi, kar je vodilo do umora Yusefa Afzala. Enota sledi radioaktivnemu materialu in Nell odkrije posrednika med Carlom in Afzalovimi morilci. Izkaže se, da je vodja radikalne skupine Shepherd najel Carla, da bi zanj izdelal umazano bombo. Ker pa Carl ni dostavil obljubljenega izdelka, ga je Shepherd dal ubiti. Enota nastavi Shepherdu past in zaseže posodo z radioaktivnim materialom, preden ga skrajneži aktivirajo. Hetty se čudno obnaša in Callen skuša priti zadevi do dna. Hetty izgine, mesto vodje operativcev pa zasede nekdo drug …
2. sezona, 24. del
Hetty zapusti NCIS, Callen in drugi člani enote pa od direktorja Vanca in začasne vodje operativcev Lauren Hunter poskušajo izvedeti, kam je odšla. Izkaže se, da je Hetty v Evropi. Vstopi v neko hišo in dvema moškima, ki sedita za mizo, pove, da prinaša sporočilo za Comescuja. Moška jo napadeta, Hetty pa oba ustreli. Callen se medtem odloči, da mora enota poskrbeti za Hettyjino varnost. Odidejo na njen dom, tam pa najdejo tri plačance, ki preiskujejo stanovanje. Člani enote vse tri ubijejo, Hetty pa kljub temu ne najdejo. Eric in Nell identificirata plačance, kar jih pripelje do njihovega vodje. Callen in Sam zaslišita vodjo, ki jima razkrije, da jih je najel Comescu z namenom, da poiščejo spominsko kartico s pomembnimi podatki. Callen zahteva, naj mu Vance in Hunterjeva povesta kaj več o Hetty in Comescuju. Vance mu razkrije, da je Comescu romunska mafijska družina, ki lovi Callena, Hetty pa je odšla, da bi ga zaščitila. Nell odkrije, da je Hetty v Pragi. Callen hoče oditi za njo in jo rešiti, vendar ga Vance zavrne, zato Callen da odpoved. Sledijo mu Sam, Kensi in Deeks. Ekipa odide v Prago, kjer bo Callen odkril skrivnosti iz preteklosti, na katere morda ni pripravljen.